你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手，接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女，在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这名失忆的蛇女，同时还遇到了一位神秘黑衣蛇人与她多次交手最终被其所重伤。海波东为了完成任务，带着重伤将蛇女带到自己的藏身之所治疗伤势，一路上遇到了各种危险……
故事发生在二十一世纪初始，日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下，柳生宗朗（平川大辅 配音）家中世代经营道场，宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子，但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾对于反抗学生的暴力镇压感到十分不满。他的不满招致了飞来横祸，不仅道场面临关门大吉的命运，宗朗更是遭到了学生会派出的精锐部队的追杀。 就在命悬一线之时，一位名为柳生十兵卫（悠木碧 配音）的红发少女突然从天而降击退了敌方，之后，柳生义仙（水原薰 配音）、真田幸村（钉宫理惠 配音）、后藤又兵卫（小林优 配音）等一干武江少女接二连三的出现在了宗朗的身边。
艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托..... 「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?
