超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。 一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。 赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。 经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。 在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。 宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了 。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
海底小纵队是一群活跃在海底的小小冒险家。小纵队集结了皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）等7名伙伴，在核心成员巴克队长（北极熊）的带领下向着未知的海域不断探索前进。 在本次电影的探险中，一座火山突然喷发，突然唤醒了太平洋海底的几百座火山组成的 “火焰之环”，这一突发性事件迅速演变成了一场全球范围的大灾难。 即将集体爆发的火山群时刻威胁着被海啸冲上岸的角岛鲸、生活在火山群岛的帽带企鹅、小纵队维修站的设备、海洋农庄里植物鱼种下的粮食……更不用说那些常年居住在火山口的动植物们！ 海底小纵队的成员们必须在太平洋海域分头行动，分秒必争，全力救助那些生活在火山周围的奇异海洋生物们。
