《极上生徒会》讲述兰堂梨乃自从父母双亡后，就与手中操纵的布偶小布相依为命。某天，通过笔友波比特先生的介紹，梨乃決定转入坐落于宫神半岛的宫神学园就读。当抵达半岛上时，梨乃却发现波比特先生提供的公寓已被烧毀，并在报到当天碰到许多奇奇怪怪的事情，最后更莫名其秒地当选上了代表学园最高许可权的机构极上学生 会的书记。学生会会长神宫司奏是第一次和梨乃见面，却为何会知道她的名字？笔友波比特先生的来历究竟是？女孩们为学园而战斗的故事就这样展开了