从古至今,人们惧怕黑暗。因为在人们心中,潜藏著名为“阴我”的负面意念,导致魔兽“骇魔”(Horror)得以利用入侵附身。而人类当中有一群人,手持钢铁利剑,一子单传,秘密守护人类不受“骇魔”侵略,他们被称之为“魔戒骑士”,生于黑暗,也隐于黑暗,世代与“骇魔”进行无止境的战争… 立志成为画家的御月薰,即将举行她首次的个展。但她却也梦见了童年时父亲所画的“黄金骑士”绘本,让她非常在意。虽然与心理咨询师龙崎驱音谈过之后,薰总算能安心迎接个展,但画廊老板却突然化为了异形怪物向她袭击。这时,在薰眼前出现了一名身穿白色大衣的神秘青年,并变身打倒了怪物。而他变身后的模样,正巧与绘本中所画的“黄金骑士”如出一辙……
在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……