自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
春季的高中排球宫城县预选中, 在一番激斗后取胜,终于实现在全国大赛中出场这一夙愿的乌野高中排球部。 就在他们为全国大赛做准备的时候, 传来了影山受到全日本青年强化合宿召集的消息。 而月岛也受到宫城县一年级选拔强化合宿的召集。 同为一年级,对于差距感到不安的日向,擅自前去参加宫城县一年级选拔强化合宿,但……!? 以全国大赛正赛为目标,日向、影山以及乌野高中排球部开始了更加艰巨的挑战——!!
与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量,陆续收购IT相关的风险投资企业,扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现,宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场,然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。