自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
昔日长留仙山沦为冷清景区,员工静恒接到关停通知,收拾行李时碰倒木箱,唤醒了因被遗忘而沉睡的四瑞兽——主事业的苍龙、主财运的白虎、主姻缘的朱雀、护健康的玄武。因神力衰减,四瑞兽的许愿回应十分“抽象”,反倒让长留仙在网上走红。随着人气渐旺,白泽、麒麟等瑞兽相继苏醒,静恒与这群瑞兽联手,让古老传说在现代焕新,守护住了这片神话净土。