在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。 星元122年――这是众多企业扩展至宇宙，并构筑了巨大经济圈的时代。从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利，作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员，过着充满邂逅和刺激的学园生活。奎达工厂事件两周后，斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。与此同时，米奥莉奈在贝纳里特集团本部照看着父亲。向二人袭来的新的困难与迫近的决断。少女们胸怀各自的感情，面对高达带来的强大诅咒。 
