企业号队员又一次归队，进行另一次秘密行动。“克林贡”帝国将老化，经济及生态环境破坏殆尽，为求使它安稳，克林贡领袖向地球的联合会寻求和平会议。为安全起见，企业号队员被派作护航。途中，数名“克林贡”人被暗杀，企业号船长寇克（威廉·夏特纳 饰）与麦哥成为头号疑凶。各队员得赶快缉拿真凶，免得船长无辜惨死。各国对此事均十分紧张，并作出最高戒备状态，战争的警号又再于银河系响起，并有随时爆发危机的可能...... 寇克（威廉·夏特纳 饰）上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他的好友斯波克（伦纳德·尼莫伊 饰）船长无故身亡，而麦科伊（德福雷斯特·凯利 饰）医生亦莫名其妙地变得精神失常。斯波克的父亲沙瑞克向寇克透露了一个惊人的消息，原来麦科伊正窝藏斯波克的驱壳，寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此下定决心要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星的封锁区，跟敌军展开殊死之战！ 故事描述一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？ 
