企业号队员又一次归队，进行另一次秘密行动。“克林贡”帝国将老化，经济及生态环境破坏殆尽，为求使它安稳，克林贡领袖向地球的联合会寻求和平会议。为安全起见，企业号队员被派作护航。途中，数名“克林贡”人被暗杀，企业号船长寇克（威廉·夏特纳 饰）与麦哥成为头号疑凶。各队员得赶快缉拿真凶，免得船长无辜惨死。各国对此事均十分紧张，并作出最高戒备状态，战争的警号又再于银河系响起，并有随时爆发危机的可能...... 在星历9521.6年间，叱吒星际的企业号即将退休，突然星际败类克林贡欲向各星际卫星求和，以结束长时间对立，唯一条件是星际舰队需撤出中立缓冲区。这项求和行动，其中以企业号舰长寇克（威廉·夏特纳 饰）最为反对，因其子曾遭克林贡人杀害，难消仇恨之心，但因其他星际舰队多数追求和平，乃不得不接受这一事实，寇克舰长甚至被推介护送谋和大使戈更议长通过邦联领空至地球总部。寇克受命启航，欲以最后航程完成此项历史创举，当晚，他邀约戈更一行人等登舰餐叙。餐后当戈更返回克罗诺号后，随即发生狙击事件，所有记录显示，鱼雷发射均来自企 寇克（威廉·夏特纳 饰）上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他的好友斯波克（伦纳德·尼莫伊 饰）船长无故身亡，而麦科伊（德福雷斯特·凯利 饰）医生亦莫名其妙地变得精神失常。斯波克的父亲沙瑞克向寇克透露了一个惊人的消息，原来麦科伊正窝藏斯波克的驱壳，寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此下定决心要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星的封锁区，跟敌军展开殊死之战！ 故事描述一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？ 一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让史波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的赏金号从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任... 
