2261年，沃伦人加入了暗影战争，但当沃伦人开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整颗星球时，他们的策略成为了联盟的担忧。巴比伦5号对此感到不安，于是招募了其他几个强大而古老的种族（先民）加入他们的阵营，共同对抗暗影和沃伦人。约翰·谢里丹上尉逃离扎哈杜姆后返回空间站，但他付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。陪伴他的是一位名叫洛瑞恩的神秘外星人，洛瑞恩自称是银河系中最古老的智慧生物。在谢里丹回归的几个小时前，加里波第在相当可疑的情况下获救并返回空间站。他比以前更加偏执，对其他外星种族和谢里丹更加怀疑。半人马座皇帝卡塔吉亚与暗影族建立了联系。隆多·莫拉里策划了对卡塔吉亚的暗杀，并拒绝履行与暗影族的协议。隆多杀死了莫登先生，并摧毁了驻扎在半人马座母星的暗影族飞船，试图拯救他的星球免遭沃伦族的毁灭。在其他古老种族和几个年轻种族的帮助下，谢里丹引诱沃伦族和暗影族卷入了一场大战。在这场大战中，沃伦族和暗影族透露，他们原本是年轻种族的守护者，但由于理念上的差异，最终将年轻种族当作了他们无休止战争的棋子。年轻种族拒绝他们的持续干涉，沃伦族和暗影族以及剩余的先民同意永远离开银河系。暗影族被击败后，加里波第辞去了安全主管的职务，独自以“情报提供者”的身份工作。他开始为火星大亨威廉·埃德加斯工作，埃德加斯娶了加里波第的旧爱。随着他与埃德加斯的合作越来越密切，他对谢里丹的态度也越来越咄咄逼人，最终离开了巴比伦5号。明巴尔被武士种姓和宗教种姓之间的短暂内战所困扰。德伦秘密会见了武士种姓的尼禄，并说服他，任何一方都不能获胜。她告诉他，她将接受一个仪式，她愿意牺牲自己，但会在真正死去之前停止仪式。当尼禄看到她真的打算完成整个仪式时，他救了她，并牺牲了自己，宣称虽然他生来是武士，但在内心深处，他是一个宗教信徒。作为地球与巴比伦5号之间持续冲突的一部分，加里波第最终背叛了谢里丹，并安排抓捕他，以赢得埃德加斯的信任并了解他的计划。加里波第后来得知，埃德加制造了一种只有心灵感应者才能接触的病毒。随后，真相大白，加里波第在第三季末被心灵军团绑架，并被贝斯特重新编程，以便在合适的时间向他提供信息。贝斯特释放了加里波第的编程，并允许他回忆起被绑架以来所做的一切。埃德加被杀，他的妻子失踪，但在战争结束后与加里波第重逢。加里波第帮助谢里丹获救，并让他重返解放地球的行动。由巴比伦5号领导的联盟在一场短暂而血腥的战争中将地球从克拉克总统的极权统治中解放出来。这场战争最终以克拉克自杀和民主政府的恢复而告终。火星获得完全独立，谢里丹同意辞去军职。不结盟世界联盟解散并重组为星际同盟，谢里丹当选为首任总统，继续指挥游骑兵，他们相当于银河系中的联合国维和部队。在本季结局中，展现了未来100年、500年、1000年和100万年的事件，描绘了巴比伦5号对历史的持久影响。展现的事件包括2261年内战的政治后果，随后在公元2762年由新的极权政府发动的地球核战争，由此导致的地球沦为前工业社会，人类太空旅行知识的丧失和恢复，以及人类最终进化为类似沃隆人的能量生物，之后地球的太阳变成了新星。