该作品讲述主角饭岛律是妖怪小说家饭岛蜗牛(本名饭岛伶)的孙子,自幼具有通灵体质,能够与妖怪鬼魂见面交谈,甚至驱除恶灵。饭岛蜗牛死前命令最强的式神龙妖青岚(寄居于律的父亲体内)终生保护律,祖父死后律才逐渐发现许多祖父生前与妖魔之间的秘密。
在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……