约翰·布雷斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 饰）被正义天使拉萨罗斯附体，但天使暴躁乖戾，遇到坏人就要吸取他们的灵魂。 莫罗（伊德瑞斯·艾尔巴 Idris Elba 饰）请求布雷斯把小孩丹尼带来神殿以避免恶魔夺取他的灵魂，作为回报他将驱除布雷斯身上的诅咒。丹尼是魔鬼罗尔科的儿子，罗尔科为了把自己的魔力植入儿子体内正派卡里跟追踪逃跑途中的母子两人。正当母子俩被困在采石场的时候，布雷斯到来，他体内的天使爆发了出来，压制住了卡里根。他变成了恶灵骑士，毫不手软的把对手撕成碎片。当战争结束时，三人前往神殿，同时，罗尔科也救醒了死亡边缘的卡里根，并赋予他更可怕的摧毁力，让他再去把丹尼找回来。 在神殿里，莫罗履行协议把布雷斯体内的扎萨罗斯驱赶了出来。但正当他做法时，神殿的牧师试图杀死丹尼——他认为丹尼就是恶魔。还没等他们行动，卡里根就到了。把丹尼带去见了罗尔科。罗尔科逼迫丹尼参与一个仪式，想使他变成一个彻头彻尾的恶魔。 布雷斯试图阻止这个仪式，说服丹尼弃恶从善。在最后一战中，为了打败恶魔，丹尼用了他的力量把扎萨罗斯再次植入布雷斯体内。这次扎萨罗斯变成了正义的化身，打败了恶魔。
将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
